Viernes, 1 de agosto de 2014
PCR

Autor: Fueyo Mendoza, José María

Staphylococcus aureus recovered from nasal carriers, producers and non-producers (43 isolates each) of classical pyrogenic toxin superantigens (PTSAgs), were screened for 17 additional PTSAg-genes by PCR. Percentages of 88.4 and 65.1 were positive for some new enterotoxin-gene, and 76.7 and 55.8 for enterotoxin-gene-clusters (egc-like), respectively. The 86 isolates belonged to 17 toxin-genotypes (all eta-, etb-, etd-, see- and sep-negative), and generated 40 SmaI-genomic profiles that in a dendrogram of similarity (S ≥ 0.7) clustered into nine lineages and 11 non-clustered branches. Correlations between classical PTSAgs and SmaI-lineages were established and egc-like groupings appeared dispersed in six lineages.

Autor: FERNÁNDEZ,MARCELA

Utilizando las técnicas moleculares de SSCP y RAPD se pudo evidenciar rápida y claramente la variabilidad genética en Colombia de larvas del céstodo Taenia solium analizando fragmentos de genes de ADN mitocondrial y fragmentos aleatorios de ADN nuclear. El ADN estudiado se obtuvo de ocho aislados de cisticercos de cerdo provenientes de tres departamentos de Colombia: Antioquia, Nariño y Sucre. Los fragmentos obtenidos por PCR de los genes NADH deshidrogenasa 1 (ND1) y citocromo oxidasa c subunidad I (COI) al ser denaturados y analizados en geles no denaturantes de acrilamida, mostraron al menos tres patrones diferentes por cada gen analizado, verificando que estos genes conservados mitocondriales son polimórficos en T. solium colombiana. Por otra parte, los cebadores decaméricos de RAPD produjeron patrones polimórficos, corroboraron la diversidad genética entre los diferentes aislamientos analizados

Autor: Calderón E,Róger

Objetivo: Detectar tempranamente la susceptibilidad a las drogas antituberculosas rifampicina e isoniacida mediante PCR y electroforesis conformacional. Materiales y métodos: Se implementaron dos ensayos de amplificación de los genes rpoB y katG y mediante Heteroduplex y SSCP se determinó la susceptibilidad antituberculosa de 31 muestras clínicas procedentes de pacientes con diagnóstico de tuberculosis pulmonar baciloscopía positiva. La caracterización fenotípica de la susceptibilidad, se realizó empleando el método de las proporciones. Resultados: Los ensayos de PCR detectaron hasta 2,5 pg de ADN genómico de M. tuberculosis; no amplificando ADN de otras micobacterias y bacterias comunes de la flora bucal. Se encontró una concordancia general entre la detección molecular y convencional de la susceptibilidad a rifampicina e isoniacida de 96,7% y 83,9% (p<0,05), respectivamente. Sin embargo, sólo en pacientes con antecedente de tratamiento se presentó una concordancia del 100% y 90,9% (p<0,05) para rifampicina e isoniacida, respectivamente. Además, este sistema de detección de resistencia puede emitir resultados 48 horas después de la recepción de la muestra clínica. Conclusiones: Estos sistemas se presentan como una excelente alternativa para la identificación temprana de pacientes infectados con bacilos de M. tuberculosis drogoresistentes. Potencialmente, se podrán dirigir óptimos y oportunos esquemas terapéuticos que contribuirán con el control y prevención de la transmisión de cepas multidrogo-resistentes que afectan en gran medida a la salud pública de nuestro país.

Autor: Zúñiga,Javier

La calidad panadera es un importante elemento para el desarrollo de nuevas variedades de trigo (Triticum aestivum L.) y se asocia principalmente con un conjunto de proteínas conocidas como gluteninas de elevado peso molecular (HMW), aún cuando existen otras proteínas relacionadas con la calidad panadera. Los procesos actuales de selección de genotipos con calidad panadera se basan en el contenido de gluten de la masa o la identificación de alelos codificadores de gluteninas HMW mediante electroforesis. Se reporta un método basado en la identificación, mediante la reacción en cadena de la ADN polimerasa (PCR), del alelo codificador de la glutenina HMWx5, la cual se asocia con calidad panadera. Mediante el uso de partidores apropiados se amplificó de forma específica un fragmento del promotor de este gen y parte de su extremo 5’. En aquellos genotipos portadores del gen HMWx5 se amplificó un fragmento de aproximadamente 450 pares de bases (pb) el cual es consistente con el tamaño esperado a partir de su secuencia depositada en la base de datos Genbank. Su alelo HMWx2 no amplificó producto PCR alguno. El sistema fue validado en un grupo de genotipos de trigos de diverso origen y permitió la rápida e inequívoca identificación de genotipos portadores del alelo HMWx5. El desarrollo del sistema y otros análogos permitirá el desarrollo de sistemas de mejoramiento genético de trigo más efectivos y focalizados.

Autor: Mercado-Blanco, Jesús

An increasing incidence and distribution of verticillium wilt has occurred in the last few years in newly established
olive orchards in southern Spain. This spread of the disease may result from use of Verticillium dahliae-infected
planting material. The early in planta detection of the pathogen would aid the implementation of certification
schemes for pathogen-free planting material. In this work, a nested polymerase chain reaction (PCR) method was
developed for the in planta detection of the nondefoliating (ND) V. dahliae pathotype, aimed especially at nurseryproduced
olive plants. For this purpose, specific primers were designed from the sequence of a 1958-bp random
amplified polymorphic DNA (RAPD) marker of ND V. dahliae, and a procedure for the extraction of PCR-quality
total genomic DNA from infected root and stem tissues of young olive plants was tested and further optimized.
Nested PCR assays detected ND V. dahliae in 4- to 14-month-old artificially infected plants of three olive cultivars.
The ND-specific PCR product was not amplified from total genomic DNA extracted from olive plants infected with
the defoliating V. dahliae pathotype. Detection of the ND pathotype was effective from the very earliest moments
following artificial inoculation of olive plants with a V. dahliae conidial suspension. Also, detection was achieved in
inoculated, though symptomless, olive plants as well as in plants that were symptomatic but became symptomless by
217 days after inoculation.

Autor: Díaz, Beatriz

El objetivo de este trabajo fue identificar las especies de hongos entomopatógenos
asociados a distintas especies de pulgones de los principales cultivos hortícolas de la
región central de la Península Ibérica
Los muestreos se realizaron en cultivos hortícolas al aire libre y en invernadero,
durante la primavera de 2006 y el otoño de 2006 y 2007. Para la identificación de las
estructuras de los hongos se realizaron preparados coloreados y montados en acetoorceina
1%. Los aislamientos se hicieron en medio Sabouraud dextrosa agar + 1% de
extracto de levadura enriquecido con yema de huevo + leche.
Los hongos identificados correspondieron al orden Entomophthorales, siendo Pandora
neoaphidis (Remaudière & Hennebert) Humber la especie predominante sobre
Macrosiphum euphorbiae (Thomas) y Nasonovia ribisnigri (Mosley) en lechuga, sobre
Aphis fabae (Scopoli) en acelga tanto en otoño como en prima vera y sobre Aphis gossypii
(Glover) en cultivos de pepino en primavera y calabacín en otoño. También se identificó
la especie Conidiobolus coronatus (Constantin) en A. fabae en individuos recogidos
en acelga durante la primavera y en M. euphorbiae en cultivos de lechuga en otoño.
Los resultados obtenidos por taxonomía clásica fueron confirmados por análisis
molecular de la región ITS, usando primers generales y específicos para P. neoaphidis.
En estas mismas muestras no se obtuvieron productos de amplificación cuando se utilizaron
primers específicos para Entomophthora planchoniana Cornu, por lo que se descartan
infecciones mixtas con estas dos especies de hongos.
Se obtuvieron sólo tres cultivos puros de P. neoaphidis a partir de A. fabae. La dificultad
de aislamiento y producción artificial del hongo sugiere que seria recomendable
desarrollar una estrategia de control de estos pulgones de hortícolas basada en Control
Biológico por Conservación.

Autor: Olaya Urueña,Carlos A

Objetivo: obtener una guía para diagnóstico y manejo de la toxoplasmosis gestacional, actualizada, científicamente confiable, práctica, aplicable a Latinoamérica y que permita influir positivamente en la salud obstétrica. Materiales y metodos: se realizó una revisión de artículos elaborados en los últimos 10 años relacionados con la toxoplasmosis en el embarazo, publicados en Medline, Pub-Med, Cochrane Review y literatura científica nacional. Luego de seleccionar esta información se recopilaron los más importantes y se procedió a elaborar una guía de diagnóstico y manejo de la toxoplasmosis gestacional. Resultados: A partir de la interpretación de las curvas de comportamiento de la IgG e IgM específicas para Toxoplasma gondii, fue posible integrar una conducta médica adecuada con un determinado resultado serológico, para reducir al máximo la incorrecta interpretación de los paraclínicos, que se constituyen actualmente en la única herramienta para la detección de una enfermedad en gran parte subclínica. Conclusión: La información obtenida es reciente y con un irrefutable valor científico que permitirá abordar con más claridad esta patología, además al realizar una guía de diagnóstico y manejo será posible restarle complejidad a la interpretación de las pruebas serológicas destinadas a su detección.

Autor: GOLCZER,GABRIEL

Se evaluó el rendimiento de un protocolo de acetato de potasio con modificaciones menores para la extracción del ADN genómico. Los resultados evidencian que empleando el protocolo modificado se obtuvo un ADN de mayor rendimiento (0,61, concentración de 37,34 ng/µL) respecto al protocolo original. La amplificación del ADN vía PCR para regiones mitocondriales evidencia su calidad alta ADN para estudios poblacionales a nivel molecular, en el menor tiempo y costo, sin el uso de reactivos altamente tóxicos.

Autor: López-Durán,M.

Este artículo de revisión se propone exponer las principales técnicas de biología molecular disponibles actualmente para los investigadores, en el campo del cáncer y precáncer oral, clasificadas según el tipo de material biológico del que se disponga para iniciar la investigación. Éste puede ser ADN, ARN o proteínas. La explicación de cada técnica comprenderá una breve sistemática del proceso, así como sus ventajas, inconvenientes y estado de actividad actual. Todo ello con la finalidad de esclarecer las aplicaciones, pronto indispensables, de las técnicas más destacadas, en el diagnóstico precoz, pronóstico y tratamiento individualizado del carcinoma oral. Entre las técnicas más útiles en este proceso se encuentran: la electroforesis en gel, las técnicas de hibridación, la tecnología microarray, los biochips, la PCR convencional, la cuantitativa o la transcriptasa inversa, las técnicas de Southern, Northern y Western blot, la secuenciación de ADN, la clonación de genes, la inmunohistoquímica, el ensayo ELISA y la citometría de flujo. Destacan en particular por su gran utilidad, la tecnología microarray, los biochips y la PCR.

Autor: Sánchez,Ruth Mélida

Introducción: la Chlamydia trachomatis (CT) es considerada hoy como la causa más frecuente de infecciones de transmisión sexual y enfermedad pélvica inflamatoria. Aproximadamente la mitad de los casos de infección por Chlamydia trachomatis cursan en forma asintomática lo que dificulta su detección clínica temprana y aumenta la probabilidad de secuelas a largo plazo. Objetivo: determinar la prevalencia de infección por C. trachomatis en un grupo de mujeres jóvenes con y sin leucorrea en Bogotá, Colombia. Metodología: estudio de corte transversal en el que se investigó por la técnica de reacción en cadena de la polimerasa la presencia de C. trachomatis en 355 muestras de orina obtenidas de mujeres jóvenes con o sin leucorrea. Las muestras fueron recolectadas en dos instituciones de primer nivel de la Secretaría Distrital de Salud y en dos instituciones públicas de educación superior, durante los meses de junio y julio del 2004. Se investigaron variables sociodemográficas de interés y prácticas anticonceptivas. Resultados: se detectaron 19 muestras positivas, de las cuales 5 correspondían a mujeres sin leucorrea y 14 a pacientes con leucorrea. La prevalencia de infección fue 5,35% (IC 95% 3,25-8.23) en el grupo total, 2,86% (IC 95% 0,93-6,54) en las mujeres sin leucorrea y 7,78% (IC 95% 4,31-12,70) en las pacientes con leucorrea. Conclusión: la prevalencia encontrada en este estudio indica que la infección por C. trachomatis constituye un problema de interés en salud pública. Aunque la leucorrea puede considerarse como un marcador de infección por Chlamydia, dada la tendencia a mayor frecuencia en este grupo de pacientes, la prevalencia en mujeres asintomáticas fue importante y justifica ofrecer su detección en forma más amplia.

Autor: Crespillo,M.

La identificación de personas desaparecidas durante la Guerra Civil española se ha convertido en un tema de interés social. El presente trabajo describe la identificación del primer cadáver exhumado en Cataluña procedente de una fosa común de la guerra civil. Como técnicas confirmativas a la metodología clásica empleada en la identificación de restos humanos (antropométricas, fórmula del análisis dental...) la ciencia forense encuentra en el análisis del ADN una herramienta útil. La identificación se llevó a cabo analizando la región de control del ADN mitocondrial debido a la antigüedad de los restos humanos (aproximadamente 65 años) y a que la única muestra de referencia disponible procedía de un lejano pariente materno (sobrina). Los productos de secuenciación fueron analizados utilizando un ABI PRISM 310 (AB). Tras cumplir con todos los requisitos de aceptación de las secuencias y descartada la posible presencia de contaminaciones eventuales, se observó una total coincidencia entre las secuencias del ADNmt del fémur y la muestra de referencia aportada por el familiar. La secuencia obtenida era 16298C, 263G, 315.1C y después de consultar una base de datos de 2192 individuos caucásicos esta secuencia fue observada una vez, de modo que la frecuencia de esta secuencia es de 0.0013. Los resultados obtenidos apoyan el hecho de que cuando los análisis convencionales de ADN nuclear son inviables el análisis de ADNmt se convierte en una útil y poderosa herramienta.

Autor: Asensio Sánchez,VM

Objetivo/método: Se describe el caso de un varón de 75 años de edad con endoftalmitis endógena en el ojo izquierdo. Los cultivos fueron negativos. Se realizó PCR para detectar el genoma de ciertas bacterias gram-negativas. Resultado/conclusiones: La reacción en cadena de la polimerasa mostró una amplificación del genoma de Serratia marcescens. Nuestro caso indica que la PCR puede ser una herramienta de valor en las endoftalmitis con cultivo negativo.

Autor: Alché Ramírez, Juan de Dios

In this chapter we describe the application of an in situ RT-PCR technique to study the
localization of allergen transcripts in the pollen grain of olive tree at the ultrastructural level. By means of this
method digoxigenin-labeled UTP is incorporated after in situ PCR amplification of a cDNA which is also
produced in situ by reverse transcription of mRNA. This method is combined with the fast and sensitive
immunogold-(silver) detection system allowing demonstration of the mRNA localization. This technique
may help to localize very low abundance transcripts. Another purpose of this chapter is to address
considerations required of these techniques.

Autor: Niedmann Lolas,Lorena

La polilla del tomate (Tuta absoluta Meyrick; Lepidoptera: Gelechiidae) es la plaga más devastadora del cultivo del tomate (Lycopersicon esculentum Mill.) en Chile, produciendo pérdidas del 60 al 100% en campos no tratados con insecticidas. Puesto que las plagas de insectos están desarrollando niveles de resistencia a los insecticidas convencionales, existe interés por estrategias de control que incluyen el empleo de biopesticidas. En el presente trabajo se estudió el potencial de aislados nativos de Bacillus thuringiensis (Bt) con actividad tóxica contra esta plaga. Los aislados de Bt fueron colectados de muestras de suelo provenientes de la VII Región del país, y fueron caracterizados empleando diferentes criterios: morfología de la colonia y de la inclusión paraesporal, electroforesis en condiciones desnaturantes, análisis Western y bioensayos contra larvas de T. absoluta. Usando la técnica Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) se obtuvo una clasificación del contenido génico utilizando partidores específicos. Todas las cepas nativas seleccionadas poseían genes de la familia cry1. Dos aislados mostraron una actividad tóxica relevante contra la larva de T. absoluta y podrían constituir una alternativa para el control de esta plaga. Estas cepas resultaron ser más efectivas que el aislado obtenido desde el producto comercial Dipel (B.thuringiensis var. kurstaki )

Autor: Töbe, Kerstin

The usefulness of a molecular approach based on polymerase chain reaction (PCR) was investigated to identify and quantify the feeding of larval krill on zooplankton organisms in the Lazarev Sea during winter in 2006. Different primers and probes of dominant copepod species (Oithona sp., Ctenocalanus citer, copepodid stages of Metridia gerlachei and Calanoides acutus), co-occurring with larval krill under sea ice during winter, were developed for quantitative PCR (qPCR) and their species specificity was tested on target and non-target species. The qPCR results showed that larval krill were exclusively feeding on Oithona sp. This result was confirmed by microscopic analysis of stomach and gut contents of larvae from the same stations.

Autor: Baldeviano V,Christian

Objetivos: Diseñar e implementar un método de PCR para la detección sensible y específica de M. tuberculosis, orientado al oportuno diagnóstico de la tuberculosis mediante su adecuada aplicación en muestras clínicas. Materiales y métodos: Se diseñaron oligonucleótidos específicos para la amplificación de un fragmento de 318pb luego de una alineación múltiple de secuencias REP13E12 de M. tuberculosis. Se realizó la estandarización del método de PCR y se evaluó la sensibilidad y especificidad diagnóstica utilizando muestras clínicas con diagnóstico baciloscópico y cultivo. Resultados: El REP13E12-PCR detectó hasta 100 fg de ADN genómico, fue específico para la detección del complejo M. tuberculosis y capaz de distinguirlos de micobacterias atípicas. Esta evaluación preliminar proporcionó 100% de sensibilidad y especificidad en muestras clínicas de pacientes con diagnóstico de TB. Conclusiones: La amplificación de REP13E12 mediante PCR es una alternativa para el diagnóstico rápido de pacientes con TB, especialmente en casos cuyo diagnóstico pueda ser dificultoso o poco claro mediante el uso de los métodos convencionales.

Autor: Mosquera C,Xiomara

Objetivo. Evaluar el uso de la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) para la detección de Brucella abortus en muestras de sangre y leche de vacunos. Materiales y métodos. Este estudio de tipo descriptivo fue realizado durante los años 2004 y 2005. Se analizaron 136 animales de tres fincas localizadas en el municipio de Durania, Norte de Santander, Colombia. Se evaluó la presencia de anticuerpos en la leche mediante la prueba del anillo (PAL). Se amplificó el fragmento de 223pb del gen BCSP31. Se emplearon los cebadores B4 y B5 de la región interna de la secuencia del gen BCSP31 (GenBank, número M20404). Resultados. En aquellos animales positivos se obtuvo una muestra de sangre y leche para el análisis por PCR, la sangre no fue analizada por serología. Se evaluaron diferentes métodos de extracción de ADN. Se encontró que un 13.2% (18/136) de las muestras de leche fueron positivas a la PAL. Se analizaron 33 muestras de leche negativas por PAL de las cuales el 30.3% (10/33) resultaron positivas por PCR. Al analizar las muestras de sangre de los animales positivos por PAL el 94.1% (16/17) fueron positivas por PCR, mientras que el 47% (8/17) de las muestras de leche positivas por PAL, fueron positivas por PCR. Conclusiones. Se demostró la amplificación de un fragmento de ADN de Brucella abortus en muestras de sangre y leche de vacunos. Los resultados preliminares demostraron que es posible usar PCR como prueba diagnóstica de brucelosis en Colombia.

Autor: Sánchez I.,Roxana

Se evaluaron los parámetros productivos de un lote de gallinas de postura comercial vacunado con la cepa ts11 de Mycoplasma gallisepticum (MG). Se criaron 9,065 pollitas de postura comercial de la línea Hy Line Brown libres de micoplasma en una granja previamente identificada como positiva a MG. La mitad de las aves se vacunó con la cepa ts11 de MG a las cuatro semanas de edad y la otra mitad permaneció sin vacuna. Se midió la producción de huevos y se realizaron las pruebas de aglutinación en placa, inhibición de la hemoaglutinación y ELISA para evaluar el comportamiento serológico de los lotes como respuesta a la vacuna o a los desafíos de campo. Así mismo, se utilizó PCR y cultivos microbiológicos para determinar desafíos de campo por micoplasmas y salmonella. Sobre un periodo productivo de 41 semanas, las aves vacunadas produjeron 188 huevos/ave (11.55 kg) y tuvieron un índice de conversión alimenticia de 2.57, mientras que las aves no vacunadas produjeron 184 huevos/ave (11.34 kg) y tuvieron un índice de conversión de 2.62 (p<0.05). Se obtuvo un beneficio económico por la aplicación de la vacuna de S/. 1.50 (US$ 0.43) por ave alojada. Las aves de ambos grupos fueron expuestas a severo estrés ambiental por calor y desafíos naturales de campo por Mycoplasma gallisepticum, Mycoplasma synoviae, virus de bronquitis infecciosa y Salmonella enteritidis; factores que afectaron el rendimiento del lote, pero que aún así permitió evidenciar el beneficio económico y productivo conseguido con la aplicación de la vacuna.

Autor: MENGHI,CLAUDIA IRENE

Se realizó un estudio de purificación del DNA de los trofozoitos de Dientamoeba fragilis a partir de muestras fecales humanas congeladas, no fijadas en formol, y con elevadas concentraciones de inhibidores de la DNA polimerasa. Para tal fin, se utilizaron columnas ("spin-columns") disponibles en el comercio. Esta metodología se comparó con una técnica tradicional de purificación con fenol/cloroformo. Ambos métodos fueron seguidos de la amplificación del DNA de D. fragilis por una "nested" PCR y posterior electroforesis en un gel de agarosa de los amplicones obtenidos. La extracción del DNA a partir de trofozoitos de D. fragilis - mediante el procedimiento de las columnas - produjo DNA de elevada calidad, libre de impurezas e inhibidores de la polimerasa. Por el contrario, con la técnica de fenol/cloroformo se observó la inhibición de la enzima, cuando se analizaron los productos de amplificación. Además, se confirmó que el agregado de SAF (solución de acetato de sodio - ácido acético - formol) a las muestras fecales afecta la integridad del DNA y como consecuencia impide su posterior amplificación

Autor: Cervantes-Díaz,Lourdes

En plantaciones de alstroemeria (Alstroemeria L.) de Villa Guerrero, Estado de México, se han detectado plantas con síntomas similares a los inducidos por geminivirus en otros cultivos hortícolas. En dichas plantaciones también se ha observado la presencia de la mosquita blanca, considerada como el vector más eficiente de estos virus. El objetivo del presente trabajo fue detectar la presencia de geminivirus en plantas de alstroemeria. Mediante PCR, usando los iniciadores MotCP2118/MotCP2123, se obtuvo un segmento de ~600pb, similar al del control positivo correspondiente a chile infectado con el begomovirus pepper huasteco yellow vein virus (PHYVV, antes pepper huasteco virus) en plantas sintomáticas, mientras que en las asintomáticas la detección fue negativa. Plantas de Nicotiana glutinosa, N. benthamiana, N. rustica, N. tabacum var. xanthi y Datura stramonium inoculadas por biobalística con ADN total obtenido de alstroemerias con síntomas y positivas a PHYVV mediante PCR, mostraron mosaicos leves y deformación de hojas, mientras que en plantas de Capsicum annuum se observaron mosaicos, necrosis en nervaduras y abultamientos en hojas. Con el ADN de estas plantas también se obtuvieron bandas correspondientes al PHYVV, pero en las monocotiledóneas bombardeadas, incluyendo alstroemeria, no fue detectado el fragmento. La secuencia de oligonucleótidos de los productos de PCR mostró 98% de homología con el begomovirus PHYVV. Aunque no fue posible reproducir en alstroemeria los síntomas observados en campo, sí se evidenció mediante PCR la presencia de un geminivirus similar al PHYVV en tejido de plantas sintomáticas.